Ιστορία
To σχολείο μας, ιδρύθηκε με το ΦΕΚ 1856/τ.Β΄/13-09-2007 και λειτούργησε για πρώτη φορά τη σχολική χρονιά 2007-2008 με την ονομασία Τ.Ε.Ε. Ειδικής Αγωγής Α’ βαθμίδας Νάξου και τους ακόλουθους τομείς και ειδικότητες:
1)Τομέας Γεωπονίας Τροφίμων και Περιβάλλοντος με ειδικότητα: "Φυτοτεχνικών Επιχειρήσεων-Αρχιτεκτονικής Τοπίου"
2)Τομέας Μηχανολογικός με ειδικότητα: "Θερμικών και Υδραυλικών Εγκαταστάσεων"
3)Τομέας Ηλεκτρολογικός με ειδικότητα: "Ηλεκτρικών Εγκαταστάσεων Κτηρίων".
Συστεγάζεται με το σχολικό συγκρότημα του ΕΠΑ.Λ Νάξου στο Φιλώτι, έχοντας στη διάθεσή του αίθουσες για να καλύψει τις ανάγκες διδασκαλίας των θεωρητικών μαθημάτων καθώς και τους εργαστηριακούς χώρους του Ε.Κ Νάξου για τις ανάγκες των εργαστηριακών μαθημάτων.
Από το σχολικό έτος 2016-2017 με το ΦΕΚ 2532/τ.Β΄/17-08-2016, έγινε μετατροπή της σχολικής μονάδας από ΤΕΕ Ειδικής Αγωγής Α΄ Βαθμίδας Φιλωτίου Νάξου σε "Ειδικο Επαγγελματικό Γυμνάσιο Νάξου".
Το 2017-2018 λειτουργεί για πρώτη φορά και Ειδικό Επαγγελματικό Λύκειο.
1)Τομέας Γεωπονίας Τροφίμων και Περιβάλλοντος με ειδικότητα: "Φυτοτεχνικών Επιχειρήσεων-Αρχιτεκτονικής Τοπίου"
2)Τομέας Μηχανολογικός με ειδικότητα: "Θερμικών και Υδραυλικών Εγκαταστάσεων"
3)Τομέας Ηλεκτρολογικός με ειδικότητα: "Ηλεκτρικών Εγκαταστάσεων Κτηρίων".
Συστεγάζεται με το σχολικό συγκρότημα του ΕΠΑ.Λ Νάξου στο Φιλώτι, έχοντας στη διάθεσή του αίθουσες για να καλύψει τις ανάγκες διδασκαλίας των θεωρητικών μαθημάτων καθώς και τους εργαστηριακούς χώρους του Ε.Κ Νάξου για τις ανάγκες των εργαστηριακών μαθημάτων.
Από το σχολικό έτος 2016-2017 με το ΦΕΚ 2532/τ.Β΄/17-08-2016, έγινε μετατροπή της σχολικής μονάδας από ΤΕΕ Ειδικής Αγωγής Α΄ Βαθμίδας Φιλωτίου Νάξου σε "Ειδικο Επαγγελματικό Γυμνάσιο Νάξου".
Το 2017-2018 λειτουργεί για πρώτη φορά και Ειδικό Επαγγελματικό Λύκειο.